அதே நேரத்தில் தியாகராஜன், பலருக்கு அழைப்பு கொடுத்தாக சொல்லப்படுகிறது. இதையடுத்து ஆய்வு கூட்டத்தில் தமிழ்ப் பல்கலைகழகத்தில் நிலவும் குறைகள் குறித்து பலரும் பேசியுள்ளனர். இந்த நிலையில் சங்கர், பேராசிரியர், பணியாளர்கள் மற்றும் மாணவர்களிடம் அசாதாரண சூழல் ஏற்படும் நிலையை உருவாக்கி வருவதால், பல்கலைகழகத்தில் சட்டம் – ஒழுங்கு பிரச்சனை ஏற்பட வாய்ப்பு உள்ளது. இதனால் முன்னெச்சரிக்கை நடவடிக்கையாக பொறுப்பு துணை வேந்தர் சங்கரை பொறுப்பில் இருந்து நீக்கி விட்டு அவருக்கு பதிலாக, பல்கலைகழக ஆட்சிக்குழு உறுப்பினர் பாரதஜோதியை துணை வேந்தராக (பொ) நியமிப்பதாக ஆணை ஒன்றை தியாகராஜன் வெளியிட்டார்.
இதற்கிடையில், ஓய்வு பெற்ற நீதிபதி ஜெயச்சந்திரன், தலைமையில் விசாரணை ஆணையம் அமைக்கப்பட்டு இருந்தால், தற்போது பொறுப்பு பதிவாளராக பணியாற்றும் தியாகராஜன், விசாரணை வரம்பிற்கு உட்பட்டு இருப்பதாலும், நிர்வாகக் காரணங்களுக்காகவும் தியாகராஜனை பதிவாளர் பொறுப்பில் இருந்து நீக்கியதுடன் அயல் நாட்டுத் தமிழ்க் கல்வித் துறையில் இணைப்பேராசிரியராகப் பணியாற்றி வரும் வெற்றிச்செல்வனை பதிவாளராக, மறு ஆணை பிறப்பிக்கும் வரை அல்லது நிரந்தரப் பதிவாளர் பணிநியமனம் செய்யப்படும் வரை பணியாற்றுவதற்கான ஆணையை சங்கர் பிறப்பித்தார். பதிவாளரும், துணை வேந்தரும் ஒருவரை ஒருவர் மாறி மாறி பொறுப்பிலிருந்து நீக்குவதாக ஆணை பிறப்பித்து கொண்டது கடும் சர்ச்சையை கிளப்பியது. இந்த தகவல் தமிழ் வளர்ச்சித் துறையின் செயலாளர் கவனத்திற்கு சென்ற நிலையில், பல்கலைகழகத்தில், பழைய நிலையே தொடர வேண்டும், இரண்டு ஆணைகளையும் நிறுத்தி வைக்கவும் உத்தரவிட்டுள்ளதாக தெரிகிறது என்றனர்.
